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    沟地处四川盆地向青藏高原延伸的过渡带，为多种自然要素交汇地区。山地切割较深，高差悬殊，植物垂直带谱明显，植被类型多样，植物区系成分十分丰富。区内有高等植物2576种，其中国家保护植物24种；低等植物400余种，其中藻类植物212种，且40余种属四川首次发现，为九寨沟独有。 许多古老的孑遗植物保存良好，波士曼博士称“九寨沟是个丰富多彩的博物馆，是实力雄厚的基因库。”

彩林植物
九寨沟莽莽的林海，随着季节的变化，也呈现出瑰丽的色彩变化。初春的山间丛林，红、黄、紫、白各色杜鹃点缀其间，其后，山桃花、野梨花相继吐艳，夹杂着嫩绿的树木新叶，使整个林海繁花似锦。盛夏是绿色的海洋，新绿、翠绿、浓绿、黛绿，绿得那样的丰富，显出旺盛的生命力。深秋，深橙色的黄栌，浅黄色的椴叶，绛红色的枫叶，殷红色的野果，深浅相间、错落有致，真可谓万山红遍、层林尽染。在暖色调的衬托下，湖水显得更蓝，蓝天、白云、雪峰、彩林倒映于湖中，呈现出光怪陆离的水景。入冬，白雪皑皑，冰幔晶莹洁白，莽莽林海，似玉树琼花，银装素裹的九寨沟显得洁白、高雅，像是置放在白色瓷盘中的蓝宝石，更加璀璨夺目。
孑遗植物
由于九寨沟独特的地理环境，使许多古老的孑遗植物得以在峡谷的掩护下逃避了第四纪冰川期的吞噬，存活繁衍至今。其中单型属、少型属分别占植物总数的3.3%及13.73%，这些形态原始的孑遗植物，都是早在距今一亿年前左右的白垩纪就已出现的古老树种。对于研究植物系统的演化以及植物区系的演变均有一定的科考价值。
枫树
落叶乔木，树身伟岸。春季，花叶同放，花朵是别致的金绿色；秋天，叶骤然变红，且全红得鲜艳蓬勃，多长于山麓河谷，是美化环境、点染秋色的理想树种。
椴树
落叶乔木，喜光，生长快，秋天叶片变成浅黄色，象太阳洒下的金色光点。椴树木质优良，纹理细致，是建筑、造纸和制作家具的优质木料，并可作庭园树和蜜源树。
山杏
属蔷薇科，落叶乔木，阔叶卵形，春天开粉色花朵，初夏结核果，秋天叶片变成紫色。这种树耐寒、喜光、抗旱，树龄长，是植物中的寿星之一。
黄栌
属漆树科，落叶灌木，叶呈卵形，初夏开花，入秋后叶片变成橙色，可作黄色染料。木材可制各类器具。

白皮云杉松科云杉属植物
常绿乔木，高达25米、胸径0.5米。数量少，零星生长在海拔2600—3700米地带。白皮云杉属于国家二级重点保护植物，为我国四川特产树种。木材较轻，结构细致、质坚韧，是优良的建筑和纤维工业用材。

麦吊杉松科云杉属植物
常绿乔木，高达41米，胸径1米。树冠尖塔形，大枝平展，侧枝细而下垂。生长在海拔2000—2800米地带，系亚高山针叶林的主要群种之一。工业用材。
麦吊杉属于国家三级重点保护植物，为我国特有树种。木材坚韧、纹理细密，是飞机、车辆、乐器、建筑、家具等工业的优良用材。在分布区内，可作为森林更新和荒山造林的主要树种。红豆杉 红豆杉科红豆杉属植物

红豆杉红豆杉科红豆杉属植物
常绿乔木，高5—15米，最高可达20米，胸径0.1—0.5米，最大可达0.8米。生长在海拔1600—2400米地带的常绿阔叶林和常绿与落叶阔叶混交林或针阔混交林下，多为小乔木或灌木状。
红豆杉为我国特有树种。木材纹理直，结构细密，坚实耐腐，为水利工程的优良用材。种子含油60％以上，供制皂及炼制润滑油，并有驱蛔和消食的作用。红豆杉树形美观，可作为庭园观赏树种。

连香树连香树科连香树属植物
落叶大乔木，高达40厘米，胸径可达3米以上，主干离地面2米以上分枝或单一。生长在海拔1800—2800米地带的山地阴坡及沟谷。
连香树属国家二级重点保护植物。连香树科仅1属1种，是分类系统上孤立、形态上特殊的种类，代表古老残遗类群，在研究植物区系的演变上有一定科考价值。连香树是工业中重要的香味增强剂，秋季叶片变成金黄色，具有观赏价值。连香树生长快，易繁殖，可作为山地绿化树种。

三尖杉
乔木，高达20米，胸径40厘米。生长在海拔1000—3000米的针阔混交林中。
三尖杉木材黄褐色，纹理细致，坚实有弹性，比重0.59—0.77，供建筑桥梁等细木工用。假种含油量38％，种仁含油量55—70％，可供工业用。叶、枝、种籽可提取多种植物碱，对治疗淋巴肉瘤及白血病等有一定疗效。